在安徽发起皖浙起义失败被杀害，浙江起义指挥中心大通师范学堂暴露被查抄。七月十五日，秋瑾也因与徐锡麟组织并参与皖浙起义而英勇就义。吕公望闻讯后痛哭一场，并下决心要推翻清政.府，也为徐锡麟、秋瑾等报仇。
一九零九年，吕公望从保定速成学堂毕业后回到浙江，分配在新军八十二标第二营当督队官军官。当时正处于“皖浙起义”失败不久，浙江大地仍处在白色恐怖之中。浙江的革命组织惨遭破坏，革命形势处于低潮和严峻困难状态之中。为了继续参加革命活动，一九一零年一月，吕公望经广西军备部总办庄蕴宽等之邀，与一批革命同志前往桂林协助筹办新军，继续投身革命。
辛亥革命时，吕公望参与光复杭州和攻克南京之役。历任浙军第十一协协统、浙军第六师师长、嘉湖镇守使。