在医院抢救的时候，林登就下达了清洗敞篷汽车的命令。接着，林登委派他的亲信将康纳利州长带血的衣服取回洗净，并再次下令销毁物证。肯尼迪乘坐的敞篷车一直在白宫警卫的看管下，留着弹痕的挡风玻璃11月25日就被更换。
肯尼迪尸体的解剖鉴定也是靠不住的。
所有的照片和x线透视片都被作了手脚。被保存在华盛顿国家档案馆里的肯尼迪大脑1964年后也神秘失踪。凡是参加这次尸体解剖的医生都收到不准随便发言的警告。其中一位名叫休姆斯的医生几个月前承认，他们焚烧了解剖报告的第一个版本和所有的验尸记录。
华伦委员会让人生疑的还有封存所有文件、档案和证据长达75年直到2039年才解密，这些文件涉及cia、fbi、总统特警保镖、nsa(国家安全局)、国务院、海军陆战队等机构。另外，fbi和其它政府机构还涉嫌销毁证据。
一个举世震惊的案件就这样画上了句号。从而掩盖了真正的凶手和幕后策划者。