廷议后，崇祯皇帝采纳。
祖大寿据守锦州城，率城内辽兵趁清军立足未稳之际而主动出击，济尔哈朗守成有余却攻伐不足，清军接连小败，且围城不严，所以一直都没能接近锦州城。
其实说是围城，实际上却远远没达到皇太极的预期目的，城内明军甚至都能看着对面清军大营而出来行走，最后再从容自若的回城，这算什么围困。
这种情况一直延续到崇祯十四年的三月份，皇太极下令，命和硕睿亲王多尔衮代替郑亲王济尔哈朗主持围攻大局。
多尔衮率领两白旗到锦州城外，先向诸贝勒参领了解城内外情况，紧跟着便以蒙古八旗、汉八旗、朝鲜兵为先锋，满洲八旗居后，迅速逼近锦州城峘。
多尔衮亲率巴牙喇督战队位于阵后，发下严令，但凡随行军中有溃逃者，八旗兵当立即斩杀。
在这种情形下，清军逐渐疯狂起来，驾着攻城器具数日不断的围攻锦州外城，明军虽然奋力抵挡，但仍然伤亡惨重。
多尔衮因为城内投降明军的泄密而得知锦州火炮射程，他立即改变战术，于明炮火射程之外绕城四面扎营，掘壕堑，设栅木，封锁各条通路，使锦州外援顿绝。
三月底，锦州城东关守将吴八什献关出降，清军继而攻占锦州外城，士气大振，内外形势急转直下，祖大寿向明廷报称：
“锦城米仅供月余，而豆则未及一月，倘狡虏声警再殷，宁锦气脉中断，则松、杏、锦三城势已岌岌，朝不逾夕矣。”
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