仍以兵部尚书为官，设左、右侍郎协助主官分管七司，并根据情况在司下设房、案等下属机构，任命相应的官员。尚书不用问仍是士人担任，但是主管军种各司则由有军职者担任，而主管侍郎也必须是军将出身，其它事关后勤的三司则根据情况由士人或是武人担任。
对枢密院的改制其实最让赵昺头疼，这个部门长久以来在朝中占据着重要的地位。其与中书省有东、西二府之称，“掌兵籍，虎符”，若得皇帝的批准，有调动兵马之权。枢密使的地位略低于宰相，与参知政事、门下侍郎、中书侍郎、尚书左丞等统称为“执政官”。而宋代的枢密使地位抬得这么高，权力这么大，其原因是与当时国内外的阶级矛盾、政治形势有关。
宋时阶级矛盾一开始就相当尖锐。北宋初年就生了王小波、李顺起义。在边境，又有契丹、西夏等少数民族政权的并立，形成边防的紧迫局势。内忧外患使得宋王朝需要一支相当庞大的军队，方能抵抗少数民族的入侵和镇压国内人民的反抗，因而，就需要一个强有力的机构来管理这支军队，这就是宋代设立枢密院的原因……8
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