据《元史.祭祀志》记载，当时，泉州、福州、兴化(妈祖故乡福建莆田)、直沽、平江、周泾等处皆建有天妃庙，位置都在运河及海运港口，其中离大都最近处是天津。元皇庆年间(1312年)开始，朝廷每年派专人去各处天妃庙祭祀。
北京出现天妃庙，是在元朝通惠河通航之后。江南的船工频繁往来，将天妃崇拜也带到了元大都。大都城的第一座天妃坐落在通州通惠河畔的张家湾镇“里二泗”村西，它始建于元朝延祐年间。
据《日下旧闻考》记载：“里二泗近张家湾，有佑民观，中建玉皇阁醮坛，塑河神像。嘉靖十四年，道士周从善乞宫观名，赐今额，名其阁曰锡禧。万历十年，灵璧侯汤世龙复新之。”在运河上船只往来频繁的年代，这座庙是人们祀奉天后妈祖的重要道场。
有意思的是，佑民观供奉的天妃娘娘不是“纯正”的海神娘娘，而是天妃娘娘与金花娘娘的混合体，称“天妃金花圣母娘娘”。金花娘娘又称金花夫人、金花圣母、送子娘娘，是粤、桂、鄂、浙等地民间信奉的生育女神。天妃金花圣母既能送子助产，又能保佑漕运平安，无疑信徒更多了。
天妃娘娘的这一变化，是大运河促进南北文化融合的又一证明。