人，至少不能公开反对。”
“叶师自然知道《东林会约》，里面规定以会籍登记书院讲会同人，会中称同志友、同志、吾党、各郡各县同志、同志会集等，他们集在一起，讽议朝政，裁量人物，这还是学院吗？这是要讲学吗？这是要公然与朕作对。试问叶师，如果您坐在朕的位置上，您能容忍吗？”
“本来朕是准备禁毁东林书院的，但后来想了一下，东林人也并不是全部如此，象叶师，孙阁老都是明白人，如果禁毁书院，则会让诸位面子上不好看。所以最后才决定用这样的方法要警示他们，希望他们不要做得太过火。”
朱由校其实说得已经是比较隐晦了，如果真的禁毁东林书院，则大臣们一定会攻击叶向高和孙承宗等人，必让他们下台才安心。