对净噩校尉的攻讦都会被太宗怀疑是不想让自己长生，以至于净噩校尉越发势大。
直到武周时，因骇人听闻、近乎动摇国本的东都菜人案发，本应是打击邪术的净噩校尉反倒卷入其中，令武后震怒，尽诛其是当职的净噩校尉一千七百八十三人，改净噩司代行其职，不再以军中悍卒充任，而是招募天下奇人异士，以司天监名义统领，而后净噩司的主要职责便转变成了整理各种净噩除邪法门，记录各类异邪之事，但有相应事发，可派员往当地调查指导，但要行事却必须得通过当地州郡。
对于初唐至武周菜人案这段时间的净噩校尉事，唐人俎成式所作的《申阴杂异》，有着极为详细的记载。
对于后来的净噩司反倒是记录不多，只知其延续了整个唐朝，至朱温代唐，才将净噩司取消。
净噩司中一干人等在朱温代唐的杀戮中死伤无数，只有少部人流散江湖。能在这场杀戮中逃生的自然是无人关注的小人物，带出的净噩司传承都不是很齐全，后来凭借自家所学的部分，渐渐分成两大流派。
一支是如今古玩行当不可或缺的净宝天师，另一支就是如今已经无人知晓的除噩力士。