况现在众大臣的头脑里都是一片空白，谁也拿不出一个办法来，因此也只能听商毅的。
于是商毅也立刻下令，让安徳烈带领着第二警卫连在太和殿外布守，第一警卫连抽出三个排，每个排找两个宫中待卫带路，在皇宫里搜找清廷细作的位置，同时又命吴亮带一个排立刻出宫，到钟鼓楼去找在那里驻守的段鹏，立刻把特种旅带到皇宫里来。
安派完这些事情之后，商毅才又命太监把太和殿里的尸体收拾一下，并扯下纱帘蒙好，而朱由崧的尸体，先暂时用几张桌子拼戌一大台放置，也用一块幕帘给蒙上。同时又把倒了桌椅都扶起来，让众大臣就坐。等待着商家军的大队人马赶到皇宫来。
而还没等这些事情做完，在太和殿外，有一个警卫排己经回报，说着清廷的细作又杀回来了，而在大殿里，不少官员又慌了起来，有些宫女甚致都吓哭了。商毅对史可法和吴甡道：“两位阁老，这里面就交给你们照看，我出去指挥。”
史可法也点了点头，道：“你放心吧，这里面就交给我们了。”
商毅出了太和殿，虽然除夕之夜没有月光，但今晚天气睛好，星光也十分明亮，基本可以看得清楚，只见在殿前的广场，人影密布，至少也有四五百号人。商毅也不禁有些吃惊，想不到清廷竟然混进来了这么多的人。
原来早在十月的时候，清廷就想尽各种办法，向南京渗透细作人员，前前后后总共派出了有近千人。按说这么多人潜入南京，不可能一点蛛丝马迹都没有留下，就算东林党无能，但玄皇教总能发现一点什么，只是当时整个南京都陷入东林党的内斗之中
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