楞额、主管人等大小官员管理，百姓诉讼由扎尔固沁负责，重大案件则由汗国大扎尔固沁裁断。就这样噶尔丹将全部权力控制在自己手中，从而完成了从部落联盟到国家政权的过渡。康熙十七年，五世达赖喇嘛向噶尔丹赠送了“博硕克图汗”的称号，一个新的准格尔帝国便由此诞生了。
准格尔帝国肇建之后，噶尔丹继续向外扩张，当年冬天便攻打了青海。青海的和硕特部听到准格尔来攻，退入甘肃，由此惊动了清廷。甘肃守军横戈待枕，由于新生的准噶尔帝国羽翼未丰，噶尔丹明智的避免与清廷正面冲突，在出兵后半个月内便班师返回伊犁。
此后，噶尔丹在康熙十八年攻占了察合台汗后裔统治的哈密和吐鲁番，又在康熙二十年攻占卫兀尔人控制的南疆，康熙二十二年又北上攻占了安集延，康熙二十三年又征服了浩罕、那木干、玛尔噶朗、塔什干，再过一年又攻占了布哈拉、撒马尔罕，其帝国边境一直扩展到了里海西岸的广大地区。
噶尔丹在向西发展的同时并没有忘记当年避战的耻辱，时时刻刻关注着东方的局势。此时新任札萨克图汗成衮与土谢图汗察珲多尔济发生冲突，因为清廷和达赖方面的调解都宣告无效，不得不与准格尔帝国结盟。
为了不让喀尔喀蒙古分裂，不让准格尔人从喀尔喀蒙古的分裂中获得好处，康熙除了向喀尔喀蒙古各札萨克（注：蒙语执政官，清代每旗设一人，位在汗、亲王、郡王、贝勒、贝子之下，可通称为王爷）派出使臣外，还邀请五世达赖派出使者参与调解喀尔喀蒙古内乱。但清廷所不知道的是，早在康熙二十一年（1682年
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